某一日，被称为“巨人”的体型格外巨大的怪物入侵了人类的世界，他们的破坏力是如此的巨大，以至于人来在极短的时间里便失去了大片的土地。为了保护最后的生存家园，人类建造起了高墙，犹如被圈养般的生活在极有限的空间中，生活在无止尽的恐惧之中，这样一过就是一百年。
艾伦（梶裕贵配音）、三笠（石川由衣饰）和阿尼（嶋村侑饰）是生活在高墙之后的孩子们，艾伦痛恨调查兵团日渐懒散的作风，认为巨人有朝一日一定会向人类发起更猛烈的进攻。不幸的是，艾伦的预言实现了，超大型的巨人打破了墙壁，在人类最后的净土中肆虐。灾难过后，幸存的艾伦一行人加入了调查兵团，艾伦和三笠更是发誓要为死去的母亲报仇。